七七事变后，决心投笔从戎的阎又文奔赴延安，遇到了昔日的老师邢西萍（即徐冰），邢西萍建议他留在傅作义部队，为建立抗日民族统一战线出力。阎又文于1937年底，进入傅部的军政干校学习。短期培训后，被派往傅部主力部队35军任团政治部主任。后因为其能力出众且是傅作义的老乡，获得傅作义的信任，担任其私人秘书兼第八战区政治部主任。1938年春，国共合作期间，中共特派员潘纪文在傅作义的部队协助工作时，秘密将阎又文发展为地下党员，自此阎又文的卧底工作正式开始。然而国民党五届五中全会后掀起第一次反共高潮，共产党政工干部被“礼送出境”。事出紧急，党组织来不及安排，阎又文与组织失去了联系。为了党旗下的誓言，阎又文默默地坚守着。然而直到1946年，王玉带着党中央的精神指示找到阎又文，这枚在隐蔽战线默默坚守6年之久的“闲棋冷子”再次被激活了，而此次的精神指示中要求阎又文只能与王玉进行单线联系，这也是后来其遭受误解的重要原因。

在跟组织恢复联系后，恰逢国民党撕毁《停战协定》，全面内战爆发，阎又文再次被推上了内战的风口浪尖。集宁之战傅作义部队偶然取胜，傅命令阎又文写了一封致毛泽东的公开信，向毛泽东、蒋介石和美国人以及全国表明他的主张和态度。然而，作为一名中共地下党员的阎又文不知道怎么办，最后决定由其上线王玉向党中央请示：这篇文章写还是不写，最终还是周恩来做出指示：“这封信要写，而且要骂得狠一些，要让傅作义和他的官兵兴高采烈，得意忘形，让我们的指战员看后，在战场上恨不能把敌人一口吃掉。”得到指示后，阎又文妙笔生花，挥就了这篇公开发表在傅部机关报的《致毛泽东公开电》，言辞犀利，极尽嘲讽，挖苦之意。毛泽东看后要求延安《解放日报》全文转载，说“奇文共欣赏，疑义相与析”。这封公开信的确起到了激发解放军将士斗志的作用。但是，阎又文为此付出了沉重的代价。有的朋友看了公开电之后，渐渐疏远，不再登门；甚至有的党组织和领导，也对他产生了深深的误解。

1949年北平和平解放后，傅作义、邓宝珊赴西柏坡拜会毛泽东，阎又文随行。2月22日晚，毛泽东去后沟招待所看望傅作义，见到阎又文时，边握手边笑着对阎又文说：“不愧是个秀才，你的文章写得很好啊！”一语双关。但这双关语只有毛泽东、周恩来、阎又文三人心里明白，傅作义、邓宝珊则一生都不知晓。

北平的和平解放同样离不开阎又文的卧底工作，其不仅利用工作之便安排傅作义的老师等人做傅作义的思想工作，并且及时将傅作义的详细动态告知平津战役指挥部，“华野”聂荣臻司令员后来感慨道：“能够如此及时了解对方最高指挥官的动态，还是不多的。这对我们做出正确判断，下定正确决心，进行正确部署，具有重要的作用。”后来北平和平解放，傅冬菊等人的地下党身份被公开，组织安排阎又文继续隐藏身份。建国后，许多地下党得身份被解密，但是按照组织的安排，他的身份仍然不能公开。又因为之前发表的《致毛泽东公开电》，而各项档案资料也找不到他为党工作过的记录，加上阎又文严守纪律，无论哪个地下党发来橄榄枝，他都不接招，只跟王玉单线联系，而王玉的上级罗青长直接汇报李克农，李克农汇报周恩来，组织里知道他身份的人极少。所以他一直被误解，身边的朋友，还有曾经的同学都渐渐疏远他。他又无法解释，直到1962年去世，他的身份一直也没有被公开。

直到1993年，阎又文做地下党的单线联系人王玉，在一次老干部的聚会上，谈起阎又文子女的境遇，王玉一下子激动起来：“都40多年了，阎又文的身份可以解密了！”也就是这之后，阎又文的地下党的身份才被公开，此时已经是1993年，距离他去世已经30年。

罗青长评价他，阎又文是很少既能出色完成党交给的任务，又能“白皮红心”掩护的很好，从未失过手，从未引起怀疑的中共高级情报人员。